Pipeline phân tích methyl hóa từ dữ liệu đọc ngắn với Nextflow
Sử dụng Nextflow để xây dựng pipeline phân tích methyl hóa từ dữ liệu đọc ngắn theo hướng best practice cho môi trường production với tối ưu hóa quy mô lớn
Giải pháp tùy chỉnh
Giải pháp Omicslab tùy chỉnh đáp ứng chính xác mọi yêu cầu tin sinh học đặc thù.
Bạn chỉ cần mô tả bài toán và mục tiêu, chúng tôi sẽ cùng thiết kế, phát triển và bàn giao hệ thống hoàn chỉnh.
Tùy theo nhu cầu, bạn có thể chọn:
Phát triển quy trình (pipeline)
Lập trình và tích hợp các công cụ phân tích mới vào hệ thống hiện có.
Triển khai & Tối ưu hạ tầng
Dựng cụm HPC, cấu hình lưu trữ đối tượng tương thích S3 chuyên dụng cho dữ liệu Omics, hoặc thiết lập hạ tầng Cloud riêng.
Nền tảng riêng
Triển khai phiên bản Omicslab độc lập dành riêng cho người dùng của bạn.
Pipeline gọi biến thể somatic từ dữ liệu đọc ngắn với Nextflow
Sử dụng Nextflow để xây dựng pipeline gọi biến thể somatic từ dữ liệu đọc ngắn theo hướng best practice cho môi trường production với tối ưu hóa quy mô lớn
Pipeline gọi biến thể germline từ dữ liệu đọc ngắn với Nextflow
Sử dụng Nextflow để xây dựng pipeline gọi biến thể germline từ dữ liệu đọc ngắn theo hướng best practice cho môi trường production với tối ưu hóa quy mô lớn
Các khối xây dựng mã nguồn mở
Công việc tùy chỉnh ở trên được xây trên những công cụ chúng tôi duy trì công khai. Đó là điểm khởi đầu của hầu hết hợp tác thay vì làm từ đầu, và chúng vẫn thuộc về đội của bạn sau bàn giao.
omicslab-kit
Bộ công cụ toàn diện để tích hợp nhiều công cụ tin sinh học nhằm thiết lập các quy trình phân tích có khả năng mở rộng. Bao gồm hướng dẫn thực hành tin sinh học ở quy mô lớn với nhiều cấu hình công cụ khác nhau.
Xem trên GitHub →pyomicslab
Gói Python cho chuẩn hóa và phân tích dữ liệu đa omics ở quy mô lớn. Tích hợp với nhiều nguồn dữ liệu bao gồm dữ liệu TCGA (viết lại từ TCGABiolinks) và cung cấp các giải pháp Python gốc cho phân tích và trực quan hóa như heatmap, phân tích sống còn, oncoplot và nhiều hơn nữa.
Xem trên GitHub →Liên hệ
Hãy cùng nhau giải quyết các bài toán tin sinh học của bạn.
Địa chỉ
Số 10 Sông Thao, Phường Tân Sơn Hòa, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam
Mã số thuế: 0319713358
contact@omicslab.io
Điện thoại: (+84) 364002059